Tym razem do akcji wkracza nowe pokolenie! Marissa Cortez Wilson (
Jessica Alba) jest żoną znanego reportera telewizyjnego (
Joel McHale), mamą pewnego malucha i macochą inteligentnych bliźniąt Rebecci (
Rowan Blanchard) i Cecila (
Mason Cook). Domową sielankę zakłóca szalony Timekeeper (
Jeremy Piven), który chce przejąć władzę nad światem. Marissa jako agent specjalny w stanie spoczynku zostaje powołana do służby. Koniec świata jest coraz bliżej, a do akcji wkraczają też Rebecca i Cecil! Z małą pomocą innych Małych Agentów Carmen (
Alexa PenaVega), Juni (
Daryl Sabara) i ich wiernego psa Argonauty (
Ricky Gervais) oraz kilku wymyślnych gadżetów są gotowi, żeby ocalić świat.